Un CSUR de un servicio o unidad de referencia es el que se dedica a la realización de una técnica, tecnología o procedimiento o a la atención de determinadas patologías o grupos de patologías que cumplen una o varias de las características establecidas en el Real Decreto 1302/2006, aunque este servicio o unidad atienda otras patologías para las que no sería considerado de referencia. Un CSUR debe:

• Dar cobertura a todo el territorio nacional y atender a todos los pacientes en igualdad de condiciones independientemente de su lugar de residencia.
• Proporcionar atención en equipo multidisciplinar: asistencia sanitaria, apoyo para confirmación diagnóstica, definir estrategias terapéuticas y de seguimiento y actuar de consultor para las unidades clínicas que atienden habitualmente a estos pacientes.
• Garantizar la continuidad en la atención entre etapas de la vida del paciente (niño-adulto) y entre niveles asistenciales.
• Evaluar los resultados.
• Dar formación a otros profesionales.

Los centros, servicios y unidades de referencia (CSUR) que actualmente tiene reconocidos el Hospital son:

• Enfermedades de la sangre - Trasplante de progenitores hematopoyéticos alogénicos en niños. CSUR
• Enfermedades neuromusculares raras en adultos. CSUR, XUEC, ERN.
• Sarcomas y otros tumores muscolesqueléticos en adultos. CSUR, ERN.
• Extrofia vesical, epispadias i extrofia cloacal en niños y adultos. CSUR, XUEC, Eurogen.
• Enfermedades genéticas con epilepsia. XUEC
• Enfermedades glomerulares complejas en niños y adultos. CSUR, XUEC, ERN.
• Eritropatología hereditaria en niños y adultos. CSUR, ERN.
• Patología compleja hipotálamo-hipofisaria en adultos. CSUR, XUEC, ERN.
• Enfermedades raras que cursan con trastornos del movimiento, en adultos. CSUR.
• Coagulopatías congénitas, en niños y adultos. CSUR.
• Enfermedades autoinmunes sistémicas, en adultos. CSUR.
• ​​​​Cirugía reconstructiva uretral compleja del adulto. CSUR.
• Síndrome de fallada medular congénita. CSUR