Un CSUR d’un servei o unitat de referència és aquell que es dedica a la realització d’una tècnica, tecnologia o procediment o a l’atenció de  determinades patologies o grups de patologies que compleixin una o varies de les característiques establertes en el Real Drecret 1302/2006, tot i que aquest servei o unitat atengui altres patologies per a les que no seria considerat de referència. Un CSUR ha de:

• Donar cobertura a tot el territori nacional i atendre a tots els pacients en igualtat de condicions independentment del seu lloc de residència.
• Proporcionar atenció en equip multidisciplinar: assistència sanitària, suport per a confirmació diagnòstica, definir estratègies terapèutiques i de seguiment i actuar de consultor per a les unitats clíniques que atenguin habitualment a aquests pacients.
• Garantir la continuïtat en l’atenció entre etapes de la vida del pacient (nen-adult) i entre nivells assistencials.
• Avaluar els resultats.
• Donar formació a d’altres professionals.

Els Centres, Serveis i Unitats de Referència (CSUR) que actualment té reconeguts l'Hospital són:

• TPH en pacients hemato-oncològics pediàtrics.
• Unitat funcional per a l'atenció dels tumors mesenquimals malignes ossis i de parts toves (sarcomes). 
• Unitat Funcional de Malalties Neuromusculars (UFMNM)
• Complex extròfia-epispàdies (extròfia vesical, epispàdies i extròfia de claveguera), adults i pediàtric.
• Malalties glomerulars complexes (adults i pediàtric).
• Eritropatologia hereditària (adults i pediàtric).
• Patologia complexa hipotàlam- hipofisària