Un CSUR d’un servei o unitat de referència és aquell que es dedica a la realització d’una tècnica, tecnologia o procediment o a l’atenció de  determinades patologies o grups de patologies que compleixin una o varies de les característiques establertes en el Real Drecret 1302/2006, tot i que aquest servei o unitat atengui altres patologies per a les que no seria considerat de referència. Un CSUR ha de:

• Donar cobertura a tot el territori nacional i atendre a tots els pacients en igualtat de condicions independentment del seu lloc de residència.
• Proporcionar atenció en equip multidisciplinar: assistència sanitària, suport per a confirmació diagnòstica, definir estratègies terapèutiques i de seguiment i actuar de consultor per a les unitats clíniques que atenguin habitualment a aquests pacients.
• Garantir la continuïtat en l’atenció entre etapes de la vida del pacient (nen-adult) i entre nivells assistencials.
• Avaluar els resultats.
• Donar formació a d’altres professionals.

Els Centres, Serveis i Unitats de Referència (CSUR) que actualment té reconeguts l'Hospital són:

• Malalties de la sang - Trasplantament de progenitors hematopoètics al·logènics, en nens.  CSUR
• Malalties neuromusculars rares, en adults. CSUR 
• Sarcomes i altres tumors musculolesquelètics, en adults.  CSUR
• Extròfia vesical, epispadies i extròfia de claveguera, en nens i adults. CSUR
• Malalties glomerulars complexes, en nens i adults. CSUR
• Eritropatologia hereditària, en nens i adults. CSUR
• Patologia complexa hipotàlem- hipofisiària, en adults. CSUR
• Malalties rares que cursen amb trastorns del moviment, en adults. CSUR
• Coagulopaties congènites, en nens i adults. CSUR.
• Síndromes de fallada medul·lar congènita, en nens i adults. CSUR.
• Malalties autoimmunes sistèmiques, en adults. CSUR
• Cirugia reconstructiva uretral complexa de l'adult. CSUR
• Síndrome de fallada medul·lar congènita. CSUR