Según la modificación de 2002 del Plan de estudios de 1993 (Resolución 28707, BOE 1/12/93) de la Licenciatura de Medicina, la docencia en Microbiología y Parasitología Médica es una asignatura troncal del tercer curso del grado de Medicina y Cirugía. Así mismo, el área de conocimiento de la Microbiología tiene responsabilidad docente en relación con la Patología Infecciosa en la materia troncal de 4.º curso Medicina y Cirugía. Por otro lado, también tienen responsabilidades docentes en la asignatura Microbiología Clínica del Grado de Ciencias Biomédicas.

En el tercer ciclo, participan en el Máster Interuniversitario de Investigación Clínica, especialidad en Microbiología Clínica (UAB, UB, UPF), cocoordinando la especialidad y varias asignaturas.

El Servicio de Microbiología participa institucionalmente en la tutoría de residentes.

La plantilla de profesorado para la docencia de la Microbiología y Parasitología Médica está formada por un catedrático, dos profesores titulares y tres profesores asociados médicos.

Además de la enseñanza que le es propia  en estudios de grado y posgrado de la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB), el Servicio de Microbiología ha dirigido o codirigido un conjunto de cursos de postgrado, algunos de los cuales han sido reconocidos por la UAB.

Como consecuencia de la actividad investigadora en el tercer ciclo, a lo largo de estos años se han dirigido numerosas tesis doctorales, tesinas de licenciatura y trabajos de investigación de máster.

Por otro lado, el Servicio de Microbiología tiene suscritos convenios con las escuelas profesionales IES Miquel Martí i Pol, Escola Bonanova, Escola Guineueta y C. E. Freta para la formación práctica de sus alumnos.