Segons la modificació de 2002 del Pla d’estudis de 1993 (Resolució 28707, BOE 1/12/93) de la Llicenciatura de Medicina, la docència en Microbiologia i Parasitologia Mèdica és una assignatura troncal del tercer curs del grau de Medicina i Cirurgia. Així mateix l’àrea de coneixement de Microbiologia té responsabilitat docent en relació amb la Patologia Infecciosa en la matèria troncal de 4º curs "Medicina i Cirurgia". D'altra banda també tenen responsabilitats docents a l’assignatura Microbiologia Clínica del Grau de Ciències Biomèdiques.

En el tercer cicle, participem en el Màster Interuniversitari de Recerca Clínica, especialitat en Microbiologia Clínica (UAB, UB, UPF) cocoordinant l’especialitat i diverses assignatures.

El Servei de Microbiologia participa institucionalment en la tutoria de residents.

La plantilla de professorat per a la docència de la Microbiologia i Parasitologia Mèdica està formada per un Professors Titulars, un Professor Agregat i tres Professors Associats Mèdics. 

A més de l'ensenyament que és propi del Servei en estudis de grau i postgrau de la Universitat Autònoma de  Barcelona (UAB), el Servei de Microbiologia ha dirigit o codirigit un conjunt de cursos de postgrau, alguns dels quals han estat reconeguts per la UAB.

Com a conseqüència de l’activitat investigadora en el tercer cicle, al llarg d’aquests anys s’han dirigit nombroses tesis doctorals, tesines de llicenciatura i treballs de recerca de màster.

D'altra banda, el Servei de Microbiologia té subscrits convenis amb les escoles professionals IES Miquel Martí i Pol, Escola Bonanova, Escola Guineueta i C.E. Freta per a la formació pràctica dels seus alumnes.