En el Servei de Microbiologia de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau el diagnòstic de les malalties infeccioses es contempla sota la perspectiva de les diferents àrees de coneixement de la microbiologia: bacteriologia, virologia, parasitologia, micologia, i l'estudi dels antimicrobians, que s’han anat desenvolupant de forma equilibrada. Existeixen facultatius amb una formació específica en cada una d'aquestes. Tot i això, impera una visió integrada del diagnòstic sindròmic de les malalties infeccioses: gastroenteritis, infecció urinària, respiratòria, sèpsia, etc. on conflueixen les diferents àrees de coneixement.

L'activitat assistencial s'agrupa en quatre grans àrees, on el personal, tant facultatiu com tècnic, rota per les diferents seccions a fi d'assegurar la seva polivalència. Aquesta estructura de funcionament, suportada per la supervisió i els propis facultatius, té com objectiu la formació continuada del personal tècnic.

A més, la interrelació que el Servei de Microbiologia manté entre les activitats assistencials, docents i de recerca permet que el laboratori estigui al dia, tant des d'un punt de vista conceptual com tecnològic, i sigui capaç d'incorporar de forma ràpida i eficaç els avenços que són propis de l'àrea de la Microbiologia.