En el Servei de Microbiologia de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau el diagnòstic de les malalties infeccioses es contempla sota la perspectiva de les diferents àrees de coneixement de la microbiologia: bacteriologia, virologia, parasitologia, micologia, i l'estudi dels antimicrobians, que s’han anat desenvolupant de forma equilibrada. Existeixen facultatius amb una formació específica en cada una d'aquestes àrees. Tot i això, impera una visió integrada del diagnòstic sindròmic de les malalties infeccioses: gastroenteritis, infecció urinària, respiratòria, sèpsia, etc. on conflueixen les diferents àrees de coneixement.

L'activitat assistencial s'agrupa en 4 grans àrees, on el personal, tant facultatiu com tècnic, rota per les diferents seccions a fi d'assegurar la seva polivalència.

Dins de l'activitat assistencial hi ha una sèrie de determinacions que cal mencionar ja que per l’especialització que requereixen són fets diferencials del laboratori de Microbiologia:

Línies d’alta complexitat:

• Identificació de microorganismes mitjançant espectrometria de masses (MALDI-TOF) i seqüenciació d’àcids nucleics.
• Detecció ràpida de microorganismes en la mostra clínica mitjançant tècniques moleculars.
• Aïllament de virus per cultiu cel·lular.
• Estudis de sensibilitat fenotípics i genotípics dels micobacteris.
• Detecció i caracterització de mecanismes de resistència bacteriana i dels vectors de difusió.
• Epidemiologia molecular de microorganismes (PFGE, VNTR, MLST, seqüenciació)
• Estudi etiològic de:
       
  • Laboratori d’I+D: el laboratori de recerca dóna suport tecnològic al laboratori assistencial. És de destacar l'aplicació de les tècniques de Biologia Molecular (amplificació i seqüenciació d'àcids nucleics) a la taxonomia, diagnòstic i caracterització de gens de resistència als antimicrobians. Aquest fet permet adaptar ràpidament el laboratori a situacions no previstes en la rutina diagnòstica.
  • Enteropatògens: l'aplicació de les tècniques de biologia molecular al diagnòstic de les gastroenteritis permet abordar amb confiança no només el coprocultiu convencional sinó d'altres situacions, com la diarrea del viatger (detecció de toxines ST y LT d'E. coli), la diarrea del lactant (serotipat d'E. coli enteropatògen clàssic), la diarrea intrahospitalària (detecció de toxina de C. difficile), i diarrea per E. coli enterohemoràgic (detecció de verotoxina d’ E. coli). Així mateix, l'acurada formació en parasitologia permet assolir el diagnòstic de les gastroenteritis exòtiques.
  • Micobacteris: les tècniques moleculars (PCR a temps real, amplificació, sequenciació) són aplicades a la detecció de M. tuberculosis i la seva resistència, directament de la mostra clínica així com a la identificació de les micobacteris i a la seva epidemiologia molecular. El Servei fa el seguiment sistemàtic de les resistències primàries i secundàries de M. tuberculosis així com l'estudi de la sensibilitat d'altres micobacteris quan està indicat clínicament. Finalment, el disposar de marcadors moleculars per la tipificació de les soques (MIRU), permet la valoració de les epidèmies tant a l'hospital com a la comunitat.
  • Fongs: el Servei disposa d’una àrea diagnòstica específica, amb personal especialitzat en el diagnòstic de les infeccions fúngiques. La disponibilitat de personal capaç d’identificar morfològicament la majoria dels fongs patògens i oportunistes i la recent incorporació de tècniques de biologia molecular (seqüenciació del 28S rDNA i dels espaiadors ITS1 – ITS4) permeten assolir la correcta identificació dels fongs oportunistes agents de micosis invasores. Per la necessitat d’efectuar un diagnòstic precoç de les micosis invasores més comunes, es disposa de tècniques serològiques per a la detecció d’antigen d’Aspergillus, amb les que es fa un seguiment sistemàtic dels pacients a risc oncohematològics. En el laboratori s’empren tècniques comercialitzades per estudiar la sensibilitat de tots els fongs levaduriforms agents de micosis invasores i d’altres no invasors quan està indicat clínicament.
  • Paràsits: el Servei disposa de personal especialitzat capaç d'identificar morfològicament els paràsits intestinals i hemohístics autòctons i exòtics. Les tècniques d'amplificació d'àcids nucleics s'apliquen en rutina pel diagnòstic de la toxoplasmosi tant en la infecció congènita com en els hostes immunodeprimits; i al diagnòstic del Chagas.
  • Virologia: el Servei és un dels pocs de l'Estat espanyol que aborda el diagnòstic de las virosis per la tècnica de referència de cultiu cel·lular (existeixen set línies cel·lulars en rutina: MRC-5, A-549, Hep-2, MDCK, RD, Vero, L20). A més complementa aquest diagnòstic amb les tècniques més modernes de detecció d'antigens (virus respiratoris, citomegalovirus, varicel·la, virus herpes simple, virus de la parotiditis, virus del xarampio, rotavirus i adenovirus entèrics) i detecció d'àcids nucleics (HIV, HCV, HBV, herpesvirus 1-6, virus B19, poliomavirus BK, adenovirus, norovirus, enterovirus, entre altres).  
  • Antibiòtics: l'estudi fenotípic tradicional de la sensibilitat als antimicrobians, que dóna lloc a l'avaluació permanent de l'epidemiologia de les resistències al nostre medi (veure resums de sensibilitat), es complementa amb la utilització de les tècniques de biologia molecular aplicades a la determinació dels mecanismes de resistència. Cal destacar l’experiència adquirida en la caracterització dels mecanismes de resistència a antimicrobians on es veuen implicats diferents processos enzimàtics o alteracions en la estructura cel·lular bacteriana (permeabilitat, alteració de diana, expulsió de l’antibiòtic a l’exterior de la cel·lula). Per aquest fi disposen de diferents tècniques tant d’anàlisi de proteïnes (cinètiques per espectrofotometria, SDS-PAGE, IEF) com d’anàlisi del DNA (clonació, amplificació i seqüenciació). Aquests coneixements contribueixen tant al correcte tractament dels malalts com a la prevenció de la difusió de les resistències al nostre medi. D'altra banda, el laboratori participa en l'avaluació in vitro de noves molècules per encàrrec de la indústria farmacèutica.
  • El control ambiental i de la infecció intrahospitalària: és un altre dels objectius assistencials propis del Servei de Microbiologia que ho controla mitjançant  el processament de la informació aportada per la pròpia rutina i fent estudis microbiològics ambientals específics i de possibles portadors. El Laboratori de Microbiologia és l'encarregat d'evaluar la qualitat de l'aire en zones controlades (quiròfans, cambres d'aïllament). Amb aquesta finalitat es practiquen recomptes periòdics de fongs. També es controla periòdicament la presència de Legionella pneumophila en la xarxa d'aigua. El laboratori fa el seguiment dels aïllaments de microorganismes amb geni epidèmic Staphylococcus aureus resistent a meticil·lina (MRSA), Acinetobacter, enterobacteris portadors de betalactamases d'espectre ampliat (BLEA) o carbapenemases. D'altra banda, es disposa d'un conjunt de marcadors moleculars per la tipificació dels microorganismes (PFGE, polimorfisme d'amplificació, polimorfisme de restricció-hibridació, polimorfisme de seqüenciació entre d'altres) que permeten la millor caracterització de les epidèmies nosocomials.
  • Torn d’urgències: el Servei de Microbiologia a més cobreix de forma ininterrompuda, durant les 24 hores del dia i els 365 dies de l’any, les urgències que li són pròpies. En aquest torn es reben, registren i processen les mostres, així com, es monitoritzen aquells productes considerats crítics per l'assistència (hemocultius i líquids sistèmics). Es realitzen les deteccions d’antigen i/o àcids nucleics a fi d’orientar i agilitzar el diagnòstic, especialment el de la infecció respiratòria (grip, virus respiratori sincicial, pneumococ i legionel·la d’entre altres). I de la infecció del SNC (enterovirus, virus herpes simple). Això permet comunicar al clínic qualsevol resultat urgent. Dins la cartera de serveis urgents hi figura la serologia dels Accidents Laborals i la de donants d'òrgans. 
  • Les paràlisis flàccides (control de la poliomielitis).

Cartera de Serveis